西宁市恒辉房地产有限公司与江苏建业建设集团有限公司建设工程施工合同纠纷一案
青海省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2009）青民一终字第13号
上诉人(原审原告、反诉被告)西宁市恒辉房地产有限公司，住所地西宁市胜利路58号宏业大厦255室。
法定代表人陈文全，该公司董事长。
委托代理人卢燕，女，该公司副总经理，住(略)
委托代理人杨亚西，泰宏律师事务所律师。
上诉人(原审被告、反诉原告)江苏建业建设集团有限公司，住所地江苏省建湖县城向阳路399号。
法定代表人孙署君，该公司董事长。
委托代理人吴建胜，男，该公司法务部副主任，住(略)。
委托代理人潘辉，男，该公司法务部法律顾问，住(略)。
上诉人西宁市恒辉房地产有限公司(以下简称恒辉公司)与上诉人江苏建业建设集团有限公司(以下简称江建公司)建设工程施工合同纠纷一案，西宁市中级人民法院经审理于2008年12月18日做出(2007)宁民一初字第7号民事判决。宣判后，双方不服向本院提出上诉。本院受理后依法组成合议庭于2009年6月10日公开开庭审理了本案。恒辉公司委托代理人卢燕、杨亚西，江建公司委托代理人吴建胜、潘辉到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
一审法院审理查明：2004年7月26日，恒辉公司作为发包方(甲方)与江建公司西宁分公司作为承包方(乙方)签订了大通文化商业城工程建设工程施工合同，工程内容为地矿部西宁建筑勘察设计院2004—23设计图纸的全部施工内容，即土建、水、电、暖、卫、设备安装、室内外装璜以及相应的室外配套工程,工程共A、B、C段,合同约定工程价款暂估979万元，最终以双方决算为准。该合同补充条款中约定：1、承包方已支付给发包方的30万元前期保证金，发包方承诺二层平口后归还，如不能按期归还，甲方赔偿双倍银行同期贷款利息；2、发包方将大通文化商业城工程总承包给乙方，A、B、C座一、二层框架部分为800元/平方米，其余框架住宅部分720元/平方米，砖混住宅部分670元/平方米。……7、正负零以上的工程进度款支付办法，每月25日前由承包方提供本月进度报表，经监理审核后，五日内按80％支付进度款(按三类取费审核后不下浮)，如不能及时支付承担500元/天的违约金，同时工期顺延。8、如承包方未按双方约定工期竣工，则承担500元/天的违约金。合同签订后的同月底江建公司西宁分公司即开始施工，A段江建公司施工了基础，B、C段施工了部分。
2004年8月4日，大通县建设工程招标投标办公室发出中标通知书，确定江建公司为大通文化商业楼施工工程中标单位，招投标文件中的预算编制说明注明“第三条综合取费：土建按二类工程，安装按三类工程。第六条：本工程预算总价款：11505330元。第七条：本工程报价980万元。”
2004年10月11日，恒辉公司法定代表人陈文全与江建公司西宁分公司负责人薛春亮签订《补充协议》，约定工程款付款方式为“九月份核定的工程款，仍按原约定付款。九月份以后发生的工程款按月按进度付款(扣除保修金)，否则每天按应付款的万分之三承担违约金”，另约定了基础工程垫付返还方式等。2004年12月7日陈文全与薛春亮签订另一份《补充协议》，约定了工程形象进度及工程款的支付方式，并约定“以上款项支付中包含甲方退还乙方的30万元保证金”。工程施工至2004年冬季，进入冬季停工。2005年3月11日和22日恒辉公司发出两份复工通知书，但江建公司一直未复工。
2005年4月19日，恒辉公司向西宁仲裁委员会申请仲裁，以对方擅自停工，拒绝复工，不履行合同义务，致合同目的无法实现为由，请求解除双方所签施工合同。仲裁委于2005年9月5日以(2005)宁仲裁字第051号仲裁裁决书驳回恒辉公司的请求，合同继续履行。恒辉公司不服，向西宁中院申请撤销仲裁裁决，亦被驳回。2005年7月8日大通县城乡建设环境保护局主持召开大通文化商业城工程复工问题协调会议，会议纪要载明：恒辉公司在2005年7月18日前先给县财政局指定帐户转入50万元工程款作为保证金；A座于2006年6月15日前竣工，B、C座于2005年11月28日完成。2005年7月27日召开复工预备会，在本次例会中心议题中载明：7月26日建设单位已将50万元保证金划拨县财政局帐户，复工大障碍资金问题已落实。在本次会议议定事项第14条记载：施工方承诺本月29日人员、材料、设备、构配件开始进场；B、C段11月28日交工，顺延10天；A段待施工图确定后按自然天数顺延。2005年8月5日工程复工。2005年8月12日，大通县城建局组织召开现场核查专题例会并制作会议纪要。2005年11月30日工程停工。2006年5月22日，江建公司拉闸停工，恒辉公司认为此时江建公司已停工并撤场，江建公司认可于2006年5月31日撤离工地。此后由第三方进行施工，该工程已于2006年12月19日竣工验收。在江建公司西宁分公司施工过程中，双方间有多份工程联系单，监理公司亦发出过多份监理工程师通知单、监理月报等。
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