国家级海洋保护区档案管理应当按照《档案法》、《海洋档案管理规定》以及有关专项档案管理的规定和要求，将数字化档案上报国家海洋局，建立档案管理与服务系统。
（五）规划与计划
1．总体规划
国家级海洋保护区管理机构应当编制总体规划，科学分析目前保护区存在的主要问题和困难，有针对性地提出阶段性规划目标和任务，指导海洋保护区建设与管理工作，经省级海洋行政主管部门初审后报国家海洋局批准实施。根据保护区实际建设管理成效、保护区生态环境及周边社会经济条件变化情况，总体规划至少每十年修编一次。
国家级海洋保护区的各项基础设施建设应符合总体规划要求。
2．专项规划
国家级海洋保护区根据保护与管理工作的需要，在总体规划的指导下，编制生态保护与资源利用、生态恢复、生态旅游、生态补偿实施等专项规划，具体指导保护与利用专项活动。规划期一般为5年。
3．年度工作计划
国家级海洋保护区应根据本保护区总体规划、专项规划及保护区面临的紧迫问题，制订年度工作计划，确定年度工作目标。保护区每年应根据当年度工作计划编制工作总结报告，评估年度工作计划完成情况，分析存在问题和经验，报告主管部门。
（六）界址勘定与权属
1．界址勘定
国家级海洋保护区应在批准建立后的一年时间内，完成保护区范围及功能区界址勘定。
保护区应具有准确经纬度坐标网格的功能分区图、土地利用结构图、海域使用现状图等图件。有条件的保护区应采用数字化管理手段记录、标识、管理本保护区及功能区边界。
保护区管理人员必须准确掌握本保护区及其各功能区的界限范围。
2．权属
海洋保护区权属包括海域使用权属和土地所有权属两部分。
保护区应明确掌握本保护区内海域使用权人的用海范围、用海类型、用海期限等信息。
保护区应明确掌握区内土地所有权、使用类型等信息。
（七）巡护与执法
1．日常巡护
国家级海洋保护区应根据保护和科研工作的需要，配备专职巡护和执法人员，定期或不定期开展日常巡护工作。
日常巡护范围应该覆盖保护区大部分区域，必须涵盖重点保护区域及人为活动频繁区域。
日常巡护以定期巡护为主，可根据管理要求、交通条件、地形特点等因素合理确定巡护周期。
巡护应将巡察、科研监测、执法等工作结合于一体。
日常巡护工作应建立巡护责任制和巡护报告制度，巡护人员每次巡护结束应填写巡护情况记录或日志，保护管理站每月应填写巡护月报，保护区管理机构每年应填写巡护年报。
保护区每年将巡护年报及监测结果上报海洋保护区行政主管部门。
2．执法检查
国家级海洋保护区管理机构应按照有关法律法规的规定，对保护区内的生态旅游、开发建设、参观考察等活动进行执法检查，及时制止破坏保护区生态和资源的违法违规活动，并依据相应的法律法规进行处罚。
国家级海洋保护区管理机构应对出入保护区的人员及其携带的海洋、海岛生物、非生物资源实施检查，防止海洋保护区内自然资源和生态环境受到非法破坏以及外来物种的入侵。
保护区管理机构应积极配合相关执法机构，及时处理违法案件。
（八）科研监测
1．资源调查
国家级海洋保护区应经常性开展科学考察和专项调查，尤其是对主要保护对象的调查，要对区内的生物多样性进行编目和详细记录，做到资源本底清楚。
每十年至少开展一次综合科学考察，编制科考及分析报告。有条件的争取出版科学考察报告。
2．定期监测
国家级海洋保护区管理机构应根据具体情况定期开展生态环境、资源、自然生态灾害、开发利用活动、外来物种入侵、区内旅游活动等项内容的监测活动。
每年至少开展一次当地社区社会经济状况调查。
根据主要保护对象或主要保护目标的特点设置监测断面和站位，每年至少开展一次调查监测。监测结果应进行详细记录和分析，并根据监测结果对保护区生态环境及主要保护对象或保护目标变化情况进行评价。
3．科研活动
国家级海洋保护区应加强与相关高校或科研机构合作，积极参与和支持有关海洋保护区科学研究工作，建立海洋生态保护与资源合理利用科学研究与教学实习的基地，积累保护区生态环境和主要保护对象或保护目标相关研究成果，不断丰富生态保护与资源开发利用相协调的技术与经验。
（九）宣传教育
1．宣传资料
国家级海洋保护区应制定具有自身特点的相关法律法规和管理制度，编制科普宣传书籍、音像、文字及图片资料、环境教育材料等，分发给周边社区居民、游客和访问者。
2．宣教活动
国家级海洋保护区管理机构应采取多种形式定期对学生、当地社区居民开展形式多样的环境教育活动。有条件的保护区应与所在社区学校共同编制校本教材，将海洋生态保护相关法律法规及科普知识纳入学校课堂教育之中。
国家级海洋保护区应积极创造条件，为来保护区的访问者（含游客）提供接受生态环境保护教育和科普知识宣传的场所及宣传材料等。
3．海洋保护区网站
国家级海洋保护区应发挥网络宣传作用，建立并定期维护自己的网站或网页，及时发布和更新保护区的相关信息。

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