第二十二条现场考察结束后，专家组根据评估指标体系对本组考察的工程中心记名打分，并形成书面评估意见。评估意见应明确指出工程中心存在的问题并提出改进建议。

第六章综合评议

第二十三条按照初评成绩占50%，现场考察成绩占50%计算出参加现场考察的各工程中心的综合成绩。综合成绩排名靠前的工程中心评估结果为优秀，综合成绩排名后15%的工程中心将参加综合评议。参加综合评议的工程中心名单在教育部网站上发布并提前至少10个工作日通知有关依托高等学校。
第二十四条同领域的综合评议不再按相近学科分组。每个领域综合评议专家组由9–11名专家组成。
第二十五条评估机构向综合评议专家组提供参评工程中心的初评成绩、现场考察成绩、现场考察意见、评估材料和评估指标体系等。
第二十六条参加综合评议的工程中心由中心主任做综合评议工作报告，并对专家组的质询进行答辩。主要介绍工程中心代表性成果和优势特色、技术研究情况、工程化情况、存在的问题和不足、发展规划和设想等。
第二十七条专家组经评议讨论，对参加综合评议的工程中心记名打分和排序，形成综合评议意见，并当场公布排序结果。

第七章评估结果

第二十八条综合评议结束后15个工作日内，评估机构负责撰写评估报告，对评估工作进行系统总结并提出建议和意见，并与评估档案一并提交教育部。评估档案包括：各阶段专家组人员名单、初评专家打分表、初评打分排序统计结果、各工程中心现场考察意见、现场考察打分表和排序结果、综合评议专家打分表和排序结果、综合评议意见等。
第二十九条教育部根据评估成绩和评估报告，确定并发布评估结果及处理意见。评估结果分为：优秀、良好、限期整改、未通过四类，评估结果为优秀的比例不超过15%，评估结果为限期整改和未通过的比例不低于10%，其余为良好。
评估结果在教育部科技司网站公示一周，最后以书面形式向依托高等学校反馈。由教育部处理公示期间个人或单位实名提出的异议。
第三十条评估结果为“优秀”的工程中心优先推荐申报国家级科技创新平台。评估结果为“未通过”的工程中心不再纳入教育部工程研究中心管理序列。评估结果为“限期整改”的工程中心整改期不超过2年，整改期满后由教育部组织专家现场检查整改效果，检查未通过的工程中心不再纳入教育部工程研究中心管理序列。
第三十一条连续三次评估结果均为“优秀”的工程中心，可不参加下一轮评估，其评估结果定为优秀。连续两次评估结果均为“限期整改”的工程中心不再纳入教育部工程研究中心管理序列。不参加评估、中途退出评估、无重大客观原因逾期未报送评估材料的工程中心，其评估结果定为未通过。

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