实施方案要围绕自然资源领域国家需求，聚焦专项要解决的重大科学问题或要突破的共性关键技术，梳理形成问题清单和目标清单，强化前瞻性、引领性布局，合理部署基础研究、重大共性关键技术和成果转化等研发阶段的主要任务，并明确任务部署进度安排、预期重大标志性成果及考核要求，细化资源配置、配套保障、责任分工、成果转化及推广应用等举措。
批复后的实施方案，作为重点专项任务分解、项目申报指南编制、项目安排、组织实施、监督检查的基本依据。
第十八条重点专项实施方案经批复后，自然资源部根据专项年度任务部署需要，组建工作组和专家组。
第十九条重点专项实施方案经批复后，自然资源部与专业机构签订专项管理任务委托协议，专业机构根据自然资源部要求制定重点专项管理工作方案。
第四章 重点专项项目申报指南
第二十条自然资源部会同工作组成员单位组织起草重点专项年度项目申报指南，专家组提供技术咨询。自然资源部结合工作组意见形成申报指南。
指南编制工作应充分遵循实施方案提出的总体目标和任务设置，项目申报指南应避免交叉重复，明确形式审查条件、项目遴选方式和组织模式。细化分解形成重点专项年度项目安排。项目应相对独立完整，体量适度。指南不得直接或变相设置限定项目的技术路线和研究方法。
第二十一条指南设立可考核可评估的具体指标，可通过第三方测试、真实应用场景考核、明确技术成熟度等方式，突出应用化、实战化；依托有关业务化应用单位，联合现有测试、评估平台共同设计指标测试、场景应用、成果转化推广等的考核评价方式、方法。
第二十二条结合专项特点和实施需要，加强实施机制创新，通过竞争择优、定向委托、分阶段滚动支持等多种项目遴选方式，在全国范围内择优确定项目承担单位。可采取“揭榜挂帅”、“赛马制”、“链主制”、青年科学家项目、长周期项目等组织模式，推动产学研用深度融合，提升项目组织实施绩效。
第二十三条项目申报指南经征求意见、国家科技管理信息系统查重、咨询评估后，由自然资源部批准发布。发布指南时应公布拟支持项目数及国拨经费限额、申报单位资质、配套资金要求、形式审查条件等。保密项目采取非公开方式发布指南。自指南发布日到项目申报受理截止日，原则上不少于50天。
第五章 项目立项
第二十四条项目承担单位原则上为在中国大陆境内注册满1年的独立法人单位，具有较强科研能力和条件、运行管理规范，诚信状况良好。多个单位组成申报团队联合申报的，应签订联合申报协议，并明确一家单位作为项目牵头单位。项目下设课题的，也应同时明确课题承担单位。
第二十五条申报项目应明确项目（课题）负责人。项目（课题）负责人原则上不超过60周岁。青年科学家项目负责人原则上不超过40周岁。揭榜挂帅项目负责人无年龄限制。参与指南编制或实施方案编制的专家，不能申报当年该专项项目。项目（课题）负责人及研发骨干人员按相关规定实行限项管理。
第二十六条境外科研机构、高等学校、企业等在中国大陆境内注册满一年的独立法人机构，可根据指南要求牵头或参与项目申报；受聘于在中国大陆境内注册的独立法人机构的外籍科学家及港、澳、台地区科研人员，符合指南要求的可作为项目（课题）负责人申报。
第二十七条项目申报采用一轮申报，项目承担单位应按照项目申报指南的要求，通过国家科技管理信息系统直接提交项目正式申报书。
第二十八条专业机构根据指南要求开展项目申报受理，对正式申报项目进行科研诚信审核和形式审查。采用网络评审、通讯评审、会议评审、同场竞技、现场考察评估等方式组织评审。专业机构制定年度指南评审工作方案报自然资源部审核。通过首轮评审择优遴选出3倍于拟立项数量的申报项目，组织开展答辩评审。申报项目数低于拟立项数量3倍的，可不组织首轮评审，直接进入第二轮答辩评审。
第二十九条评审专家应是在相关领域内具有丰富经验、客观公正的高水平专家，原则上从国家科技专家库中选取。严格执行评审专家回避制度，加强评审专家事前保密，公开类项目评审专家在评审结束后按要求公示。通过事前诚信审查、事中提醒监督、事后抽查评价等方式，从严管理和使用评审专家。
第三十条专业机构根据指南要求和答辩评审结果，按照择优支持原则提出年度项目立项建议，报送自然资源部进行合规性审核。
第三十一条自然资源部对项目立项程序的规范性、拟立项项目与指南的相符性等进行审核。专业机构对通过合规性审核并拟立项的公开类项目进行公示，并将公示结果和处理意见报自然资源部。自然资源部对拟立项项目下达立项批复，并组织专业机构与项目承担单位签订项目任务书。项目下设课题的，项目牵头单位应与课题承担单位签订课题任务书。审核工作以适当方式听取有关专家的咨询意见。
第三十二条项目（课题）应以项目申报书、专家评审意见和立项批复为依据编制任务书，突出绩效管理，明确考核目标、考核指标、考核方式方法等要求；对于保密项目，专业机构应与项目牵头单位签订保密协议。完成立项工作后，专业机构应将立项情况报告自然资源部。

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