第四十七条专业机构根据不同项目类型，组织项目综合绩效评价专家组，采用同行评议、第三方评估和测试、用户评价等方式，依据项目任务书所确定的任务目标、考核指标和有关要求开展综合绩效评价。
第四十八条项目综合绩效评价专家一般由技术专家、管理专家、产业应用专家、应用专家以及财务专家等共同组成，并实行回避制度。
第四十九条项目综合绩效评价专家在审阅资料、听取汇报、实地考核、观看演示、提问质询的基础上，按照通过、未通过两种情况形成综合绩效评价结论。
（一）按期保质完成项目任务书确定的目标和任务，为通过；
（二）未完成项目任务书确定的主要目标和任务，为未通过；
（三）项目提供的综合绩效评价文件、资料、数据存在弄虚作假，或未按相关要求报批重大调整事项，或不配合综合绩效评价工作的，按未通过处理。
第五十条综合绩效评价工作结束后，项目承担单位应按相关规定填写科技报告、成果信息。专业机构做好档案的整理、保存和归档。
第五十一条项目形成的研究成果，包括论文、专著、标准、样机、样品等，应标注“国家重点研发计划”字样及项目编号，英文标注：“National Key R&D Program of China”。专利应按有关要求落实声明制度。第一标注的成果作为验收或评估的确认依据。
第五十二条项目形成的知识产权的归属、使用和转移，按照国家有关法律、法规和政策执行。相关单位应事先签署正式协议，约定成果和知识产权的归属及权益分配。为了国家安全、国家利益和重大社会公共利益的需要，国家可许可他人有偿实施或者无偿实施项目形成的知识产权。
第五十三条加强重点专项的保密制度建设，完善保密工作责任体系。对涉及科技敏感信息和国家秘密的项目及其成果，按有关规定进行密级评定、确认和保密管理，分级分类做好信息安全管理，确保国家秘密安全。
第五十四条自然资源部和工作组成员单位发挥相关领域、行业、产业优势，为项目成果转化应用创造良好条件，协调调动各方面政策和资源，通过场景构建、政府采购、金融支持等方式，加快推动项目成果应用和产品迭代升级，并在项目验收3年内组织对成果转化应用情况进行跟踪评价。
第八章 重点专项管理和总结验收
第五十五条专业机构应对重点专项项目的总体执行情况定期梳理汇总，每年12月上旬形成重点专项年度执行情况报告，报自然资源部。自然资源部审核后，于每年12月底前报送科技部。
第五十六条执行期3年及以上的重点专项，专业机构编制专项实施中期执行情况报告以及进一步完善重点专项组织实施工作的意见和建议，报自然资源部。执行期5年及以上的重点专项，自然资源部审核专项实施中期执行情况报告后，应报送科技部。
第五十七条专项执行期间，由于形势变化、专项实施需要，需对专项主要任务目标（含概算）进行重大调整或终止的，由自然资源部报送科技部、财政部审核，按程序报批。
第五十八条重点专项执行期结束后，自然资源部组织专业机构对重点专项实施情况进行总结，于专项执行期结束6个月内形成重点专项总结报告报科技部。
第九章 多元化投入与资金管理
第五十九条坚持多元化原则筹措资金，在中央财政资金支持的基础上，加强央地联动、政企联动，引导地方、企业、金融资本及其他社会资金共同投入。支持相关部门和机构加强对承担相关项目的科技型企业全生命周期、全链条科技金融服务。
第六十条按照“放管结合、权责对等”的原则，采取简化预算编制、下放预算调剂权、实行“包干制”“负面清单”等多种方式，扩大科研经费管理自主权，减轻科研人员事务性负担，激发创新活力。
第六十一条中央财政资金的安排使用，严格执行国家预算管理及财政国库管理的有关规定，全面实施预算绩效管理，实行专账管理，专款专用，提高资金使用效益。项目经费使用中涉及政府采购的，按政府采购法律制度规定执行。
第十章 监督与评估
第六十二条重点专项建立全过程、多层次、嵌入式的监督评估体系。监督评估工作应以国家重点研发计划的相关制度规定、重点专项实施方案、项目申报指南、立项批复、任务书、协议等为依据，按照责权一致的原则和“放管服”要求组织开展。
第六十三条自然资源部对重点专项实施过程和进展进行监督评估，对受委托专业机构专项管理工作进行监督，与专业机构配合科技部、财政部开展关键节点考核、监督评估和总体验收等工作。通过定期听取年度报告和重要进展等报告、组织开展单位自查、中期检查、现场督察、在线监管等方式，对项目立项、组织实施和资金使用等开展日常监督评估；对重点专项的实施进展、目标实现、成果产出、转化应用等进行检查核验和评估评价；对专业机构管理工作的科学性、规范性，及其在专家遴选、项目评审、考核、结题验收等管理工作中的履职尽责和绩效情况进行监督指导。对监督检查发现的问题，及时处理、督促整改，对存在的违规行为进行调查处理。依据监督评估结果对在重点专项组织实施过程中做出重要贡献的单位、团队或个人，按照国家有关规定探索建立激励机制。

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