加强预算安排与任务实施进度衔接，在总概算和概算周期不变的前提下，重点专项任务部署完成后，年度预算安排可延后不超过2年。
第十四条 财政部结合科技部意见，在分年度概算限额内，结合财力可能等核定各重点专项年度预算，按照预算管理要求向专业机构下达重点专项中央财政资金预算（不到具体项目预算），并抄送科技部。专业机构应当同步向主责单位报告相关重点专项年度预算。
主责单位应当建立重点专项项目预算分配审核机制，对专项下设项目的资金额度、资金构成、支持方式等进行科学决策，加强与项目申报指南编制工作的衔接。中央财政资金应当聚焦重点专项关键研发任务，重点支持市场机制不能有效配置资源的公共科技活动，避免财政资金安排分散重复。对于以科技成果产品化、工程化、产业化为目标任务，并且具有量化考核指标的项目，原则上应当采取后补助方式予以支持。
第十五条 重点专项中央财政资金预算一般不予调剂，因概算变化等确需调剂的，由专业机构提出申请，按程序报财政部批准，并抄送科技部。
第十六条 在重点专项实施周期内，由于年度任务调整等导致专业机构当年未下达给项目承担单位的资金，可以结转下一年度继续使用。由于重点专项因故终止等原因，专业机构尚未下达的资金，按规定上缴中央财政。
第十七条 主责单位会同专业机构按年度编制重点专项执行情况报告（含资金管理使用情况），于每年12月底前报送科技部；执行期5年及以上的重点专项，于专项实施中期年份报送中期执行情况报告（含资金管理使用情况）。
第十八条 重点专项执行期结束后，主责单位会同专业机构对重点专项实施情况（含资金管理使用情况）进行总结，于专项执行期结束6个月内形成总结报告报科技部。
科技部会同财政部组织开展重点专项总体验收评价（含资金管理使用情况），重点专项总体验收评价情况将作为专项滚动实施、新设专项遴选主责单位和专业机构等方面的重要参考。
第三章 项目资金开支范围
第十九条 重点专项项目资金由直接费用和间接费用组成。
第二十条 直接费用是指在项目实施过程中发生的与之直接相关的费用。主要包括：
（一）设备费：是指在项目实施过程中购置或试制专用仪器设备，对现有仪器设备进行升级改造，以及租赁外单位仪器设备而发生的费用。计算类仪器设备和软件工具可在设备费科目列支。应当严格控制设备购置，鼓励开放共享、自主研制、租赁专用仪器设备以及对现有仪器设备进行升级改造，避免重复购置。
（二）业务费：是指在项目实施过程中消耗的各种材料、辅助材料等低值易耗品的采购、运输、装卸、整理等费用，发生的测试化验加工、燃料动力、出版/文献/信息传播/知识产权事务、会议/差旅/国际合作交流等费用，以及其他相关支出。
（三）劳务费：是指在项目实施过程中支付给参与项目的研究生、博士后、访问学者和项目聘用的研究人员、科研辅助人员等的劳务性费用，以及支付给临时聘请的咨询专家的费用等。
项目聘用人员劳务费开支标准，参照当地科学研究和技术服务业从业人员平均工资水平，根据其在项目研究中承担的工作任务确定，其由单位缴纳的社会保险补助、住房公积金等纳入劳务费科目开支。
支付给临时聘请的咨询专家的费用，不得支付给参与本项目及所属课题研究和管理的相关人员，其管理按照国家有关规定执行。
第二十一条 间接费用是指承担单位在组织实施项目过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用。主要包括：承担单位为项目研究提供的房屋占用，日常水、电、气、暖等消耗，有关管理费用的补助支出，以及激励科研人员的绩效支出等。安排绩效支出要合理合规、公开公平，符合国家事业单位绩效工资有关管理制度规定。
第四章 项目预算编制与审批
第二十二条 重点专项项目预算由收入预算与支出预算构成。项目预算由课题预算汇总形成。
（一）收入预算包括中央财政资金和其他来源资金。对于其他来源资金，应当充分考虑各渠道的情况，并提供资金提供方的出资承诺，不得使用货币资金之外的资产或其他中央财政资金作为资金来源。
（二）支出预算应当按照资金开支范围编列，并对各项支出的主要用途和测算理由等进行说明。
第二十三条 项目实行两轮申报的，预申报环节时，项目申报单位提出所需资金预算总额；正式申报环节时，专业机构综合考虑重点专项概算、项目任务设置、预申报情况以及专家建议等，组织指导项目申报单位编报预算。
项目实行一轮申报的，按照正式申报环节要求组织编报预算。
第二十四条 项目申报单位应当按照政策相符性、目标相关性和经济合理性原则，科学、合理、真实地编制预算，对设备费、业务费、劳务费预算应当据实编制，不得简单按比例编制。
对仪器设备购置、参与单位资质及拟外拨资金进行重点说明，并申明现有的实施条件和从单位外部可能获得的共享服务。直接费用中除50万元以上的设备费外，其他费用只提供基本测算说明，不需要提供明细。
第二十五条 结合承担单位信用情况，间接费用实行总额控制，按照不超过课题直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定。具体比例如下：

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