（一）500万元及以下部分为30%；
（二）超过500万元至1000万元的部分为25%；
（三）超过1000万元以上的部分为20%。
第二十六条 间接费用由承担单位统筹安排使用。承担单位应当建立健全间接费用的内部管理办法，公开透明、合规合理使用间接费用，处理好分摊间接成本和对科研人员激励的关系。绩效支出安排应当与科研人员在项目工作中的实际贡献挂钩。承担单位可将间接费用全部用于绩效支出，并向创新绩效突出的团队和个人倾斜。
课题中有多个单位的，间接费用在总额范围内由课题承担单位与参与单位协商分配。承担单位不得在核定的间接费用以外，再以任何名义在项目资金中重复提取、列支相关费用。
第二十七条 专业机构合并项目评审和预算评审，在项目评审时同步开展预算评审，不得将预算编制细致程度作为评审预算的因素，不得简单按比例核减预算。
第二十八条 预算评审应当按照规范的程序和要求，坚持独立、客观、公正、科学的原则，对项目以及课题申报预算的政策相符性、目标相关性和经济合理性进行评审。评审专家应当满足相关回避要求。
第二十九条 主责单位负责批复项目立项和预算，并组织专业机构与项目承担单位签订项目任务书（含预算）。项目立项后，专业机构应当按任务书约定、项目实施进展和任务完成情况及时向项目承担单位拨款。
项目任务书（含预算）是项目和课题预算执行、综合绩效评价和监督检查的依据，应当以项目申报书和评审结果为基础，突出绩效管理，明确项目考核目标、考核指标及考核方法，明晰各方责权，明确课题承担单位和参与单位的资金额度，包括其他来源资金和其他配套条件等。
第三十条 重点研发计划可根据项目特点，采取经费包干制管理方式，由主责单位在项目申报指南中明确。
实行经费包干制的项目，项目申报单位应当本着科学、合理、规范、有效的原则申请资助额度，无需编制具体项目预算。
项目负责人在承诺遵守科研伦理道德和作风学风诚信要求、资金全部用于与本项目研究工作相关支出的基础上，自主决定经费使用，按照本办法第二十条规定的开支范围列支，无需履行调剂程序。对于承担单位为项目研究提供的房屋占用，日常水、电、气、暖等消耗，有关管理费用的补助支出，由承担单位根据实际管理需要，在充分征求项目负责人意见基础上合理确定。对于激励科研人员的绩效支出，根据实际科研需要和相关薪酬标准自主确定。项目执行期满后，项目负责人应当编制项目资金决算，经承担单位审核后报专业机构。
承担单位应当制定内部管理规定，对包干制项目经费使用范围和标准、相关主体经费管理使用责任、违规行为惩戒措施等进行规定。
第五章 项目预算执行与调剂
第三十一条 专业机构应当按照国库集中支付制度规定，根据不同类型科研项目特点、研究进度、资金需求等，合理制定经费拨付计划，在项目任务书签订后30日内，向项目承担单位拨付首笔项目资金。首笔资金拨付比例充分尊重项目负责人意见，结合重点专项年度预算情况确定。
第三十二条 项目承担单位应当根据项目负责人意见，及时向课题承担单位拨付资金。课题承担单位应当按照研究进度，及时向课题参与单位拨付资金。课题参与单位不得再向外转拨资金。
逐级拨付资金时，项目承担单位或课题承担单位不得无故拖延资金拨付，对于出现上述情况的单位，专业机构可采取约谈、暂停项目后续拨款等措施。
第三十三条 承担单位应当严格执行国家有关财经法规、财务制度和内部控制制度，切实履行科研项目资金管理法人主体责任，正确行使项目资金管理使用自主权，建立健全项目资金内部管理制度和报销规定，明确内部管理权限和审批程序，完善内控机制建设，强化资金使用绩效评价，提高财务信息化水平，确保资金使用安全规范有效。项目资金使用中属于政府采购范围的，应当按照政府采购法律制度规定执行。
第三十四条 承担单位应当全面落实科研财务助理制度。每个课题应当配有相对固定的科研财务助理。科研财务助理所需人力成本费用（含社会保险补助、住房公积金），可由承担单位根据情况通过科研项目经费等渠道统筹解决。
科研财务助理应当熟悉重点研发计划项目和资金管理政策，以及承担单位科研管理制度，为科研人员编制和调剂项目预算、报销经费、开展项目综合绩效评价等提供专业化服务。
第三十五条 承担单位应当将重点研发计划项目资金纳入单位财务统一管理，对中央财政资金和其他来源资金分别单独核算，确保专款专用。按照承诺保证其他来源资金及时足额到位，并用于本项目支出。
第三十六条 承担单位应当建立完善信息公开制度，在单位内部公开项目立项、主要研究人员、资金使用（重点是间接费用、绩效支出、外拨资金、结余资金使用等）、大型仪器设备购置以及项目研究成果等情况，接受内部监督。对于涉密项目，按照保密管理有关规定执行。
第三十七条 承担单位应当严格执行国家有关支出管理制度。对应当实行公务卡结算的支出，按照中央财政科研项目使用公务卡结算的有关规定执行。对于设备、大宗材料、测试化验加工、劳务、专家咨询等费用，原则上应当通过银行转账方式结算。

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