项目申报指南按程序报批后，通过国家科技管理信息系统查重后发布。涉密或涉及敏感信息的指南按照相关保密管理规定进行发布。自指南发布日到项目申报受理截止日，原则上不少于50天。
第十六条 项目承担单位应在中国大陆境内注册满1年的独立法人单位，具有较强科研能力和条件、运行管理规范、诚信状况良好。多个单位组成申报团队联合申报的，应签订联合申报协议，并明确一家单位作为项目承担单位。项目下设课题的，应同时明确课题承担单位。
第十七条 项目（课题）负责人应具有领导和组织开展创新性研究的能力，科研信用记录良好，年龄、工作时间等符合项目申报指南要求。项目（课题）负责人原则上不超过60周岁，“揭榜挂帅”项目（课题）负责人无年龄限制。项目（课题）负责人及研发骨干人员按国家有关规定实行限项管理。参与重点专项实施方案或项目申报指南编制的专家，原则上不能申报及参与项目（课题）。青年科学家项目的具体要求详见项目申报指南。明确受聘于在中国大陆境内注册的独立法人机构的外籍科学家及港、澳地区科研人员，符合项目申报指南要求的可作为项目（课题）负责人申报。
第十八条 项目承担单位应按照项目申报指南的要求，通过国家科技管理信息系统提交正式申报书。专业机构受理项目申报并进行形式审查后组织评审。
第十九条 结合专项特点和实施需要根据任务类型、研究范式和技术问题产生来源，按照以公开为主体、其他方式为补充的遴选原则，合理运用竞争择优、定向委托、分阶段滚动支持等多种项目遴选方式，以及“揭榜挂帅”“赛马制”、青年科学家项目、长周期项目、科技型中小企业项目等组织模式，遴选优势科研团队承担任务。
（一）关于定向委托项目。落实中央领导有关批示，聚焦中医药行业重大需求、重点科技问题，团队优势特别突出、具有不可替代性、不可间断攻关的任务，需要长期系统、紧密衔接或地域、领域特色突出的科学问题；
（二）关于“揭榜挂帅”。聚焦国家战略急需、应用导向鲜明、最终用户明确的攻关任务，设立“揭榜挂帅”项目。对揭榜单位无注册时间要求，对揭榜团队负责人无年龄、学历和职称要求，鼓励有信心、有能力组织好关键核心技术攻坚的优势团队积极申报。团队遴选可采取同场竞技等方式，项目全过程突出最终用户作用，实施“军令状”“里程碑”考核等管理方式；
（三）关于“赛马制”。对于国家亟需且研发风险高、时限紧迫的攻关任务，可面向不同技术路线同时支持多支研发团队平行攻关，实施竞争性支持，阶段性开展节点考核，根据节点绩效动态调整支持团队数量，力求有至少一家研究团队能最终“冲线”；
（四）关于青年科学家项目。针对有望产生新理论、新方法的重大创新方向，设立青年科学家项目，鼓励青年科学家大胆探索更具创新性和颠覆性的新方法、新路径，更好地服务于重点专项总体目标的实现；
（五）关于长周期项目。针对研发周期长、成果产出慢、需要持续支持的重要研发方向，如新药研发等，探索建立长周期持续滚动支持、强化目标导向的机制，保障科研活动的稳定性和延续性；
（六）关于局省联动项目。聚焦国家重大战略部署和区域产业发展重大需求相关任务，由国家中医药管理局和地方共同凝练需求、联合投入、协调管理，地方出台专门政策承接项目成果，在项目组织实施中一体化推动重大科技成果产出和落地转化；
（七）关于科技型中小企业项目。聚焦中小企业更具创新优势的相关任务，可采取后补助等方式进行资助。
第二十条 专业机构应科学制定评审工作方案，合理确定评审分组、选取评审专家、制定打分规则等，报科技司备案，并在评审中严格执行。
（一）专业机构受理项目申报并进行形式审查后，采取网络评审、通讯评审或会议评审等方式组织开展首轮评审。通过首轮评审择优遴选出3-4倍于拟立项数量的申报项目进入答辩评审；申报数低于拟立项数量3-4倍的可不组织首轮评审，通过形式审查后直接进入答辩评审。“揭榜挂帅”等类型项目，申报团队数量不多于拟支持项目数量的，专业机构根据指南要求开展评审工作；
（二）组织答辩评审时，专业机构应要求评审专家提前审阅评审材料，并在评审前就项目申报指南内容、评审规则等向评审专家进行说明，可采用网络评审、通讯评审、会议评审、同场竞技、现场考察评估等方式组织评审；
（三）项目评审专家应是在相关领域具有丰富经验、客观公正的高水平专家，原则上从国家科技专家库中选取，实行回避制度。通过事前诚信审查、事中提醒监督、事后抽查评价等方式，从严管理和使用评审专家。
第二十一条 专业机构应根据指南要求和答辩评审结果，按照择优支持原则形成年度立项安排建议，报国家中医药管理局审核。国家中医药管理局组织专家审查拟立项项目与申报指南的相符性，审核立项程序规范性，建立质量控制和纠错机制，形成立项批复并下达专业机构。
（一）科技司组织专业机构与项目承担单位签订项目任务书。项目下设课题的，项目承担单位也应与课题承担单位签订课题任务书，对于保密的项目，任务书中应包括保密协议；

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