（一）专业机构应提前部署综合绩效评价工作，制定重点专项项目综合绩效评价工作方案，并报科技司备案；
（二）项目执行期满后，项目承担单位在2个月内完成课题综合绩效评价材料准备，按照要求进行科学数据汇交，并通过国家科技管理信息系统提交材料。主责单位组织专业机构在项目执行期满6个月内完成项目综合绩效评价。由主责单位向项目承担单位下达综合绩效评价结论；
（三）专业机构应根据不同项目类型，组建项目综合绩效评价专家组，采用同行评议、第三方评估和测试、真实应用场景考核、用户评价等方式进行评价。综合绩效评价专家组在审阅资料、听取汇报、实地考核、观看演示、提问质询的基础上，按照通过、未通过两种情况形成综合绩效评价结论；
（四）按期保质保量完成项目任务书确定的目标和任务，为通过；未完成项目任务书确定的目标和任务，为未通过。提供的综合绩效评价文件、资料、数据存在弄虚作假，未按相关要求报批重大调整事项，项目/课题承担单位、参与单位或参研人员存在严重失信行为并造成重大影响，拒不配合综合绩效评价工作或逾期不开展综合绩效评价，均按未通过处理；
（五）综合绩效评价完成后，项目承担单位应按相关规定填写科技报告和成果信息，纳入国家科技报告系统、中医药科技成果登记系统和科技成果转化项目库。项目综合绩效评价结论及成果除有保密要求外，应及时向社会公示。
第二十八条 对未通过综合绩效评价的项目相关单位和研究人员视具体情况采取不同的惩戒措施。
（一）未完成目标和任务的，结余经费收回；
（二）因弄虚作假、未按要求报批重大调整事项或不配合综合绩效评价工作的，结余经费收回，计入科研诚信严重失信行为数据库；
（三）因主观故意、恶意未完成目标和任务的，结余经费收回，计入科研诚信严重失信行为数据库，禁止在一定期限内申报、承担或参与财政性资金支持的科学技术活动。

第五章 资金管理
第二十九条 重点专项坚持多元化投入原则，构建中央、地方、企业、金融资本及其他社会资金等共同参与的投入机制。压实各相关主体的多元化投入责任，确保资金及时足额到位。发挥中央财政资金的引导作用和杠杆效应，发挥科技金融作用，支持项目实施和成果转化应用。
第三十条 重点专项资金按照财政部等部门制定的管理办法管理。中央财政资金的安排使用，严格执行国家预算管理及财政国库管理的有关规定，全面实施预算绩效管理，专款专用，建立覆盖资金管理使用全过程的资金监督机制，提高资金使用效益。项目经费使用中涉及政府采购的，应当按政府采购法律制度规定执行。
第三十一条 专业机构根据重点专项的目标和任务，依据重点专项实施方案和相关要求配合科技司编报重点专项概算，按程序报批。
第三十二条 项目承担单位、课题承担和参与单位应当按照政策相符性、目标相关性和经济合理性原则，科学、合理、真实地编制预算，对设备费、业务费、劳务费预算应据实编制，不得简单按比例编制。
第三十三条 专业机构应当按照国库集中支付制度规定，根据不同类型科研项目特点、研究进度、资金需求等，合理制定经费拨付计划，在项目任务书签订后30日内向项目承担单位拨付首笔项目资金。中央财政资金预算确有必要调剂时，按照相关规定履行程序。
第三十四条 按照“放管结合、权责对等”的原则，采取简化预算编制、下放预算调剂权、探索实行“包干制”“负面清单”等多种方式，扩大科研经费管理自主权，减轻科研人员事务性负担，激发创新活力。

第六章 验收及成果管理
第三十五条 国家中医药管理局会同专业机构按年度编制重点专项执行情况报告，于每年12月底前报送科技部；执行期5年及以上的重点专项，于重点专项实施中期年份报送中期执行情况报告。
第三十六条 重点专项执行期结束后，国家中医药管理局会同专业机构对重点专项实施情况进行总结，于重点专项执行期结束6个月内形成重点专项总结报告报科技部。
第三十七条 国家中医药管理局会同专业机构配合科技部、财政部开展重点专项总体验收工作。重点专项验收坚持成果导向，重点突出对重大标志性成果及成果转化应用情况等方面的评价，采取测试平台验证、真实应用场景考核、用户单位考核等方式，强化验收评价的客观性、针对性和科学性。
第三十八条 重点专项形成的研究成果，应标注“国家重点研发计划资助”字样、重点专项名称及项目编号，英文标注：“National Key R&D Program of China”。第一标注的成果作为综合绩效评价的确认依据。
重点专项形成的知识产权的归属、使用和转移，按照国家有关法律法规和政策执行。为了国家安全、国家利益和重大社会公共利益的需要，国家可以许可他人有偿实施或者无偿实施项目形成的知识产权。
第三十九条 加强重点专项的保密制度建设，完善保密工作责任体系，对涉及科技敏感信息和国家秘密的专项项目及其成果，应按有关规定执行并严格管理，分级分类做好信息安全管理，确保国家秘密安全。

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