第三十九条项目实行中期检查制度。执行周期在3年及以上的项目，专业机构在项目实施中期开展中期检查工作，制定中期检查方案，对项目实施进展情况和取得的阶段性成果进行检查，对项目能否完成预定任务目标作出判断，并形成中期执行情况报告。
第四十条对项目实施中的重大进展、重大标志性成果、重大问题等重大事项，项目承担单位应及时报专业机构和住房城乡建设部。
第四十一条项目实施中须对以下事项作出必要调整的，按程序通过国家科技管理信息系统报批：
（一）变更项目承担单位负责人、课题承担单位负责人、项目实施周期、项目主要研究目标和考核指标、项目预算总额调剂等重大调整事项，由项目承担单位提出书面申请，专业机构研究形成意见，报住房城乡建设部科技主管司局，按程序审核批复；
（二）变更课题参与单位、课题实施周期、课题主要研究目标和考核指标，以及项目预算总额不变情况下的课题间预算调剂等重要调整事项，由项目承担单位提出书面申请，专业机构研究审核批复，并报住房城乡建设部科技主管司局备案；
（三）其他一般性调整事项，由项目承担单位负责审核批复，并报专业机构备案。
第四十二条项目因故不能按期完成、须申请延期的，项目承担单位应于项目执行期结束前6个月向专业机构提出延期申请，由专业机构研究提出意见，报住房城乡建设部科技主管司局，按程序审核批复。项目原则上只能申请延期1次，延期时间原则上不超过1年。未按要求提出延期申请的，按正常进度进行综合绩效评价。
第四十三条项目实施中遇到下列情况之一的，项目任务书签署方均可提出撤销或终止项目的建议。专业机构对撤销或终止建议研究提出意见，报住房城乡建设部审核后，批复执行。
（一）经实践证明，项目技术路线不合理、不可行，或项目无法实现任务书规定的进度且无改进办法；
（二）项目执行中出现严重的知识产权纠纷；
（三）完成项目任务所需的资金、原材料、人员、支撑条件等未落实或发生改变导致研究无法正常进行；
（四）组织管理不力或者发生重大问题导致项目无法进行；
（五）项目实施过程中出现严重违规行为、严重科研不端行为、不按规定进行整改或拒绝整改；
（六）项目实施过程中出现国家政策法规变化等不可抗因素导致项目无法继续实施；
（七）项目任务书规定其它可以撤销或终止的情况。
第四十四条对于撤销或终止的项目，项目承担单位对已开展工作、经费使用、已购置设备仪器、阶段性成果、知识产权等情况作出书面报告，专业机构组织技术专家和财务专家进行核查评估，报住房城乡建设部审核批准后，依规完成后续相关工作。对于因非正当理由致使项目撤销或终止的，专业机构应通过调查核实或后评估明确责任人和责任单位，将调查情况及处理建议报住房城乡建设部，对科研失信和违规行为，纳入科研诚信记录。
第六章　项目综合绩效评价与成果管理
第四十五条专业机构制定重点专项项目综合绩效评价工作方案，报住房城乡建设部审定。
第四十六条项目承担单位在项目执行期满后2个月内通过国家科技管理信息系统提交综合绩效评价材料。项目下设课题的，项目承担单位应在项目综合绩效评价前组织完成课题绩效评价。
第四十七条住房城乡建设部在项目执行期满后6个月内，组织专业机构依据项目任务书（包括相关补充协议、预算）、实施方案及相关变更批复文件所确定的任务目标、考核指标和有关要求，对项目（课题）任务完成情况、经费管理使用情况等开展项目综合绩效评价，并根据专业机构报送的综合绩效评价情况报告，向项目承担单位下达项目综合绩效评价结论。
第四十八条根据不同项目类型，专业机构组织项目综合绩效评价专家组采用同行评议、第三方评估和测试、用户评价等方式进行综合绩效评价。对于有测试要求或示范、推广应用要求的，项目（课题）应采用现场测试、实地考察等方式进行综合绩效评价。对于具有创新链上下游关系或关联性较强的相关项目，综合绩效评价时应有整体设计，优先考虑以“项目群”形式进行，强化对一体化实施绩效的考核。
第四十九条项目综合绩效评价专家组一般由技术专家、管理专家和财务专家等共同组成，专家实行回避制度。对于具有产业化目标的项目（课题），要有用户代表参加，用户代表意见是项目综合绩效评价结论的重要参考依据。
第五十条项目综合绩效评价应坚持客观公正、实事求是的原则，突出目标导向、成果导向，注重核心目标、标志性成果产出和项目成果应用落地，确保评价结论的严肃性、科学性。
第五十一条项目综合绩效评价结论分为通过、未通过两类。
（一）按期保质完成项目任务书确定的目标和任务，为通过综合绩效评价；
（二）未完成项目任务书确定的主要目标和任务，为未通过综合绩效评价；
（三）提供的评价文件、资料、数据存在弄虚作假，或未按相关要求报批重大调整事项，或不配合综合绩效评价工作的，按未通过综合绩效评价处理。
第五十二条对课题未完成任务目标，或项目未通过综合绩效评价的，结余资金由专业机构收回，对项目负责人或相关课题负责人暂停其3年住房城乡建设部主责重点专项申报资格。

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