根据不同需求协同创新的任务和要求，分类型开展协同创新中心的建设。坚持“高起点、高水准、有特色”，明确有针对性的建设要求、准入条件、评审标准、管理机制以及绩效评价工作体系。在高校、地方、行业等前期充分培育的基础上，每年择优遴选出符合“国家急需、世界一流”要求、具有解决重大问题能力、具备良好机制体制改革基础的协同创新体，认定为“2011协同创新中心”。
（三）广泛聚集，多元投入。
促进各类创新要素的有机融合，充分汇聚现有资源，积极吸纳社会多方面的支持和投入。面向科学前沿和文化传承创新的协同创新中心，要充分利用国家已有的科技、教育、文化等领域的资源和投入，形成集聚效应；面向行业产业发展的协同创新中心，要发挥行业部门和骨干企业的主导作用，汇聚行业、企业等方面的投入与支持；面向区域发展的协同创新中心，要发挥地方政府的主导作用，整合优质资源，吸纳社会支持，建立地方投入和支持的长效机制。在此基础上，经评审认定的“2011协同创新中心”，国家可给予相关政策倾斜和引导性、奖励性的资金支持。
三、计划管理
（一）领导机构。
由教育部、财政部联合成立“2011计划”领导小组，负责顶层设计、宏观布局、统筹协调、经费投入等重大事项决策。领导小组下设办公室，负责规划设计、组织实施、监督管理等工作，办公地点设在教育部。
（二）专家咨询委员会。
由来自有关部门、高校、科研机构、行业企业、社会团体以及国际的知名专家组成“2011计划”专家咨询委员会，为重大政策、总体规划、评审认定、监督评估等提供咨询。
（三）第三方评审、监督机制。
引入相对独立的第三方评审、监督机制，开展论证评审、定期检查和阶段性评估等工作，充分体现公开、公平、公正的要求。
评审专家选取遵循的基本原则是：在国际上具有较大影响、国内具有较高威望的战略科学家；长期从事教育、科技、文化、经济以及其他社会事业行政管理的知名专家；具有国际视野、熟悉国内发展状况、有较深学术造诣的国内外专家；同时，评审专家还必须对协同创新有较深认识和了解，为人公正，精力充沛。
四、实施方式
“2011计划”的实施分为培育组建、评审认定、绩效评价三个步骤。
（一）培育组建。
依据计划实施原则，由地方政府、主管部门以及行业产业和高校组织前期培育。重点开展协同创新方向确定、协同创新体组建、创新资源与要素汇聚、创新环境与氛围建设等，逐步形成协同创新的新平台和新机制。
1.确定协同创新方向。从国际科技发展前沿和国家、行业、产业、地方的重大需求出发，结合高校自身的优势与特色，确定协同创新方向。方向选择应具有较强的针对性、战略性和前瞻性，具有一定的广度和深度，充分体现科学研究与国家需求的紧密结合，体现多学科的交叉融合，避免成为单纯的研究项目。
2.组建协同创新体。由高校牵头，积极吸纳国内外优势力量，形成强强联合的协同创新体。建立实质性协同的组织管理机构，并结合协同创新体的特色与能力，切实地选择协同创新的模式与类型。制定整体实施路线，明晰各方职责，确定具体分工，建立协同创新的新平台。
3.汇聚创新要素与资源。发挥协同创新的聚集作用，充分利用现有国家、行业等方面的资源，积极吸纳地方、企业以及国内外社会的支持与投入。以人才作为协同创新的核心要素，加快与基地、平台、资本、信息、成果、仪器设备等创新要素的整合，形成协同创新的新优势。
4.构建创新环境与氛围。结合协同创新目标与任务的要求，系统设计机制体制改革，创新人员聘用与考评方式，完善高校学生培养机制，建立有组织创新、协同管理、资源整合与成果共享等制度体系，形成有利于协同创新和解决国家重大需求的长效机制。
（二）评审认定。
在培育组建并取得明显成效的基础上，教育部、财政部按照组织申报、专家评审和综合咨询的程序，每年认定一批“2011协同创新中心”。
1.申报条件。
（1）方向选择应符合重大科学前沿或国家、行业产业和地方的重点发展规划，协同创新模式选取合理。
（2）已建立了实质性的协同创新体，各方任务明确，职责清晰，建立了优势互补、互利共赢的协同机制和形式，形成了良好的协同创新氛围。
（3）从协同创新的实际出发，在组织管理、人员聘任、科研考核、人才培养、资源配置等方面开展了有效的机制体制改革，方案具体，措施得当，进展顺利，成效明显。
（4）按照新的人才选聘机制，已聚集了一批国内外优秀团队，具备解决重大需求的能力和水平，所有聘用人员不得在其他协同创新中心兼聘。有充实的科研任务，主持承担了一定数量在研国家、行业、地方以及企业等方面的重大项目。有效地整合了相关的各类创新要素，形成了较强的资源汇聚能力，相关各方面的支持落实到位。
（5）牵头高校和主要参与高校，协同创新方向依托的主体学科须为国家重点学科，并建有运行良好的国家级或教育部重点科研基地，具备组织开展协同创新的能力和实力。在基础设施、研发平台、仪器装备、日常运转等方面，能够为协同创新中心的有效运行提供良好的支撑与保障。

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