清理采取日常清理和定期清理相结合的方法。
　　第三十七条 日常清理由税务机关业务主管部门负责。
　　业务主管部门应当根据立法变化及税收工作发展需要，按照本办法第十八条的要求，对税收规范性文件随时进行清理。
　　第三十八条 定期清理由国家税务总局统一部署，每2年开展一次。法规部门负责牵头组织，业务主管部门分工负责。
　　业务主管部门应当在规定期限内列出需要清理的税收规范性文件目录，并提出清理意见；法规部门应当对业务主管部门提出的文件目录及清理意见进行汇总、审核。
　　第三十九条 对清理中存在问题的税收规范性文件，制定机关应进行处理：
　　（一）对存在以下情形的，宣布失效：
　　1.执行时间过期；
　　2.调整对象灭失。
　　（二）对存在以下情形的，宣布撤销或废止：
　　1.违反上位法规定；
　　2.已被后文废止。
　　（三）对存在以下情形的，予以修订：
　　1.与本机关税收规范性文件相矛盾；
　　2.与本机关税收规范性文件相重复；
　　3.存在执行漏洞或者难以操作。
　　第四十条 制定机关应当及时公布日常清理结果，并在定期清理结束后统一公布失效、撤销、废止的文件目录或条款。
　　第六章 附 则　　
　　第四十一条 解释、修改或废止税收规范性文件，参照本办法的有关规定执行。
　　第四十二条 本办法自2010年7月1日起施行。《国家税务总局关于印发〈税收规范性文件管理办法(试行)〉的通知》(国税发〔2005〕201号)和《国家税务总局关于印发〈地方税收法规规章、税收规范性文件备查备案规定〉的通知》（国税发〔1994〕208号）同时废止。

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